权威部门裁定公司会计处理争议，结论为以年审会计师意见为准。由此，长航凤凰公告2012年度亏损出现大幅扩大，从亏损8.05亿元增加到亏损18.8亿元。

长航凤凰1993年至2011年近20年净利润总和仅有3.06亿元，与这一数字相比，2012年18.8亿元的亏损金额无疑惊人。2012年年报公告后，长航凤凰将面临退市风险警示的特别处理。

在18.8亿元亏损金额中，有约8亿元亏损与公司2011年净利润亏损8.83亿元相当，而其余10.75亿元则为长航凤凰出售13艘船舶后，不得已吞下的非流动资产处置损失。

2012年，为了缓解财务困难，长航凤凰拟向控股股东所属企业转让13艘船舶和相关负债。8月，天职国际会计师事务所审计认为，截至2012年6月30日，13艘船舶的资产账面值为33.37亿元，负债为33.07亿元，净额2945.28万元。不过，中通诚资产评估有限公司评估认为，上述13艘船舶资产价值为22.35亿元，评估后的负债总额为33.07亿元，因而评估后净额为-10.72亿元。

当时，长航凤凰对这笔转让采用了账面值的会计处理方法。公司认为，与关联方的交易价格以账面价值成交，是资产公允价值的体现，交易价格合理。按双方的交易价格，公司原会计处理确认营业外支出2945万元，即确认资产与负债账面价值差异。

但是，2013年公司年审会计师进场后，认为该交易资产的评估价格应为公允价值，高于评估价格的部分约11亿元，需作为资产处置损失。

随后，双方决定向有关权威部门汇报，并以书面的形式进行了咨询。4月16日，经有关部门会商后，结论是认为会计师的处理意见更为妥当。

对于上述分歧，长航凤凰从两个方面进行了解释。首先，一项资产的估值由于评估方法和评估环境、资产所处环境等因素影响价格变动很大，资产的账面价值与评估公允价值之间存在的差异很常见，对此，公司和会计师往往有不同的理解。

其次，本次交易案例特殊，在国内尚未查找到类似案例，故无先例可循，公司和会计师也有一个逐步深化认识的过程，在相关会计处理上公司与年审会计师各有理由作为支撑，但都说服不了对方，分歧严重。

值得注意的是，这13艘船舶中有6艘为已完工转固定资产，滞留在渤海重工，而减值原因主要为新船价格严重贬值。评估公司当时认为，委估船舶均是2007年和2008年签订的订单合同，金融危机爆发后，航运市场不景气，当前新船价格有大幅度下降，故使得评估产生减值。其中，设备类固定资产减值9.67亿元，在建工程-设备安装工程减值1.35亿元。