2013年9月，上海自贸区正式挂牌。《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》明确，要积极发挥外高桥港、洋山深水港、浦东空港国际枢纽港的联动作用，探索形成具有国际竞争力的航运发展制度和运作模式，积极发展航运金融、国际船舶运输、国际船舶管理、国际航运经纪等产业。

一些专家认为，自贸区的成立将助力上海国际航运中心建设，进一步拓展我国港口贸易、航空枢纽以及离岸金融等领域的创新成长空间。

随后，天津、广东、厦门、舟山等省市自贸区申报方案相继出台。依托航运中心建设开展自由贸易创新探索，成为多个省市自贸区申报方案中的重点。华泰证券认为，在我国自贸区发展的初级阶段，选择具有开放口岸港区配套的保税港区作为升级对象较为合理。

国务院颁布的2009年第19号文件“关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业，建设国际金融中心和国际航运中心的意见”，使上海乃至全国掀起了一场轰轰烈烈的国际航运中心建设热潮，天津、青岛、广州、厦门等港口城市纷纷仿效上海，建设国际航运中心。而此次自贸区申报，又掀起了新一轮的航运中心建设热潮。

天津自贸区方案将以东疆保税区为依托，逐步建成国际航运融资中心。业内人士认为，滨海新区的东疆保税区将成为全球飞机租赁中心、航空金融和离岸金融创新基地、国际航运融资中心。未来滨海新区将加快聚集新兴服务业和高端制造业，做大做强金融、航运两大板块。

广东“粤港澳自贸区”方案拟定将广州的南沙、深圳的前海、珠海的横琴以及广州白云空港“打包”联建。广州正在南沙积极建设国际航运中心，深圳前海此前也一直在积极筹备建设前海高端国际航运服务业中心，积极打造特区航运总部经济。

据报道，厦门自由贸易园区建设总体方案是以厦门建设东南国际航运中心为目标，以深化两岸交流合作综合配套改革为契机，以海沧保税港区为试点建设厦门对台自由贸易园区。

此外，在申报自贸区的地区中，青岛国际航运中心、广西北部湾区域性国际航运中心、大连东北亚国际航运中心、舟山自由贸易港区等，也都在积极申报或者大力投入建设过程中。

复旦大学中国经济研究中心主任张军在接受中国证券报记者采访时表示，“对于自贸区长远的发展来讲，航运非常重要。贸易投资便利化应该是自贸区最原本的价值。一旦把航运提到比较高的位置，上海跟周边的长三角地区港口会有更好的渗透和延伸，变成一个港口群。”