在连年亏损120亿元台币引发员工抗议要求撤换高层的形势下，台船针对长期亏损的基隆厂提出的改造计划再次引发巨大争议，因为该方案有可能导致两千名工人失业。

6月20日，台船基隆厂约160名员工举行静坐抗议，不满台船连续4年巨亏、端午节奖金由新台币8000元缩水至3000元。台船工会提出撤换董事长郑文隆及总经理曾国正的要求，台船工会称公司近4年亏损高达新台币120亿元以上，高层必须负起责任引咎辞职。

对此，台船则将亏损原因归咎于基隆厂的长期亏损吞噬高雄厂获利。台船指出，已有百年历史的台船基隆厂虽然历经多次转型与改造，但因为人员老化、承包商流失及工程进展不顺等问题而一直处于亏损状态，成为公司运营的沉重负担。台船已经深入检讨基隆厂现状并提出了改造计划，例如将成本高的业务转移至高雄、积极活用厂外闲置资产、涂装及修船业务与台湾地区海军合作、开辟潜艇园区等等。

台船改造基隆厂的计划也得到了三位独立董事的一致支持。6月22日，独立董事刘德明、林辉政与陈志扬发信表明，支持郑文隆改造基隆厂，认为工会员工此次静坐抗议主要是由于基隆厂长期亏损业务萎缩，必须将人员南移或遣散。

三位独立董事称，在今年3月已经发现基隆厂的问题，3月董事会就五个方向提出改造台船的具体方案，并且得到郑文隆积极回应，其中包括基隆厂业务萎缩必须人员南移或遣散的问题，但这也可能导致劳资双方加大对立，造成近日工会抗议。

独立董事表明，对郑文隆照顾员工及股东的双方权益、对缩小节日奖金及基隆厂改革完全支持。台船改造已在进行，近日工会的抗争是必要的阵痛，独立董事希望公司董事会与股东能让台船继续往正确的民营路线迈进。

另一方面，以台湾地区前立法委员谢国梁为首的民意代表则表态支持台船员工。谢国梁与基隆市议会副议长林沛祥以及中正区三位国民党籍议员于6月23日在台船基隆厂门口集结抗争，大力声援台船员工的权益，要求台船不应牺牲将近两千人的工作权与生存权。

谢国梁表示，台船基隆厂员工的生计是最重要的，未来的台船潜舰园区的工作机会绝不应该建立在侵害台船基隆厂员工权益之上。他呼吁，主管部门应当立刻进行整顿，让台船有重生的机会，也保障劳工工作权益。同时，谢国梁也认为，台船应当撤换董事长和总经理，让新人为台船带来新的气象。