近日，财政部、国家税务总局下发《关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点应税服务范围等若干税收政策的补充通知》（财税[2012]86号），对试点过程中较具争议的问题进行明确。其中，船舶代理服务的应税项目调整幅度较大，相关船舶代理公司应当高度关注此类变动，并及时跟进相应的税务处理。

一、具体的调整方案及其应对

船舶代理服务是一项综合性的业务，其涵盖的服务范围相当广泛，如办理船舶进出港口手续；代签提单，运输合同；办理船舶和货物的报关手续；办理货物的托运和中转；代收运费，代办结算等。因而，在复杂的船舶代理实践中如何划清应税项目是船舶代理公司需要解决的主要问题之一。

根据财税[2011]133号，船舶代理服务按照港口码头服务6%的税率缴纳增值税。船舶代理公司接受委托向运输服务接受方收取的运输服务收入，应当按照水路运输服务11%的税率缴纳增值税。

2012年6月29日，国家税务总局下发财税[2012]53号，明确规定船舶代理服务统一按照港口码头服务缴纳增值税，并相应的废止了上述财税[2011]133号文件中与之相矛盾的部分条款。

12月4日，国家税务总局再次下发财税[2012]86号，将船舶代理服务归入“货物运输代理服务”，并将国际船舶代理服务归入“国际货物运输代理服务”。同时，相应废止与之相抵触的财税[2011]133号和财税[2012]53号的部分条款。

上述规范性文件对船舶代理服务的应税项目均作出了重大调整，而相应文件的执行也必将对船舶代理公司的税负状况和税务处理产生显著的影响。因此，华税律师建议船舶代理公司密切关注法律法规的变动情况，并根据变动情况对公司的税务处理相应的做出调整，避免因遵循已被废止的法律法规而直接或间接遭受的经济损失。

二、增值税差额征税备案及管理

根据财税[2011]111号，试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给非试点纳税人价款后的余额为销售额。按照目前国家有关营业税政策的规定，差额征收营业税改征增值税的具体项目包括以下五类：有形动产融资租赁、交通运输业服务、试点物流承揽的仓储业务、勘察设计单位承担的勘察设计劳务和代理等。船舶代理公司提供的应税服务属于代理业务，因而可以适用增值税差额征税。

通常而言，实行差额征税应税服务项目的增值税纳税人，需向主管税务机关进行备案。各试点地区的税务机关也相应的出台了具体的操作规定，如北京市国家税务局出台了《关于营业税改征增值税试点期间有关增值税优惠政策管理问题的公告》，具体规定增值税差额征税需要向税务机关提交《备案登记表》，办理备案手续，并附报有关资料。

因此，船舶代理公司如果希望适用差额征税，则应当根据当地主管税务机关的规定，履行备案手续。此外，根据财税[2011]111号，试点纳税人从全部价款和价外费用中扣除价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局有关规定的凭证，否则不得扣除。因此，船舶代理公司在日常经营过程中应当注意尽量获取并妥善保留准予扣除项目的相关凭证。实践中企业常常出现某些支出确实发生，但因种种原因未取得相关凭证的情况。针对此类情况，华税律师建议企业应当严格按照税法的规定，不得扣除此类支出，否则将可能面临较高的税务风险。相反，企业应当通过其它的途径，如规范内部管理、选择供应商等方式尽量避免类似的损失。

三、防范虚开增值税专用发票的风险

由于船舶代理公司从事的是代理业务，在日常的经营过程中将频繁的接受众多船舶所有人、船舶承租人、船舶经营人等的委托，办理诸多报关、托运等复杂的手续，也时常会出现代收运费、代办结算等情况。

基于船舶代理公司从事业务的复杂性以及其本身的代理关系，华税律师建议船舶代理公司在增值税专用发票管理问题上需要特别谨慎，避免产生销项税与进项税不匹配的问题，防范潜在的虚开增值税专用发票的风险。由于增值税涉及进项抵扣问题，在实际操作中，税务机关对于增值税专用发票的审查和抵扣是非常严格的，华税律师也曾处理过诸多起重大的虚开增值税专用发票的案件，其中不少案件就是由于复杂的代理关系所导致。因此，船舶代理公司应当吸取有关公司的前车之鉴，强化内部管理，规范公司经营，避免潜在的虚开增值税专用发票的风险。