早在 2005 年的长三角城市经济协调会第 6 次会议上，“港口合作”已被确定为长三角区域合作发展的专题，但是 2007 年 12 月11日在常州召开的长三角城市经济协调会第 8 次会议将该专题增添了两个字，即“深化港口合作”。

长三角港口合作 2008 年的重点主要有三方面：

一是建立港口合作工作机制——在现有长三角港口管理部门合作联席会议框架下，建立港口规划与建设、港口市场监管、港口安全与环保和港口信息与培训等 4 个工作小组，分别由南京、宁波、南通、上海 4 个城市港口管理部门牵头，主要围绕当前区域港口发展中若干突出的问题展开调研并提出发展对策。

二是建立港口信息合作平台，实现信息资源共享，主要是筹建并于 2008 年 7 月前开通长三角港口信息网。

三是建立港口研究合作平台，由 16 个成员城市港口管理部门与相关高校联系筹建港口研究“智库”——长三角港口发展研究中心，为区域港口科学、联动与协调发展提供智力支持。