据瓦锡兰计算，一艘大约50%运营时间位于ECA区域的大型船，投资一套废气清洁系统是有明确的商业利益的。同样，安装有大功率动力系统的船舶，即使在ECA运营时间不到50%，也具有积极的商业利益。投资回报最佳的是在ECA区域运营的滚装船或渡船，这两种船通常都有大功率发动机，具有绝对高额的年度燃料油消耗。此外，这两种船都是短途航运，意味着更多的运营时间是在ECA区域内。

运营时间30%-40%在ECA区域内的散货船、油船、集装箱船也能从一套废气清洁系统中获益，因为它们也消耗大量的燃料油。瓦锡兰指出，从改装角度看，散货船、油船和小型集装箱船更直截了当，因此成本也更低。

总之，投资回收期取决于不同的因素，如总的安装时间和闲置时间、废气清洁系统的运营成本、未来燃料价格预期等。

瓦锡兰强调，改装废气清洁系统最大的成本因素是系统的设备、安装、运营和材料。系统设备的成本取决于船舶的类型和尺寸，安装成本取决于现有船改装的空间和入干船坞的时间。“通常，设备和安装分别占交钥匙改装项目成本的40%，剩下20%成本是相关的工程、项目管理、现场管理、物流和船级社入级成本”。

另一个替代安装废气清洁系统的方案就是切换成使用低硫含量的燃料，如船用汽油（MGO）或液化天然气（LNG）。瓦锡兰预计，随着氧化硫法规的出台，会带来船用汽油需求的增加，到2015年，船用汽油和重燃料油（HFO）之间的价格差距将进一步拉大，使用船用汽油和重燃料油的真实成本差距还不确定。另一个低硫燃料LNG被称为是最清洁的石化燃料，目前是世界增长最快的燃料类型，但切换成LNG燃料需要更换发动机。